ネットショッピング認証サービス変更後、ワンタイムパスワードアプリは継続して利用できないのですか?

はい。認証方法変更後はお手元のワンタイムパスワードアプリはお使いいただけなくなります。お手数ですがお手元の端末からアンインストールをお願いいたします。